Nachdem man zweimal den Klassenerhalt geschafft hat, reichte es im dritten Jahr nicht mehr. Leider stand man am Ende der Saison 2001/2002 erneut auf einem Abstiegsplatz, so daß man sozusagen direkt von der Landesliga in die Kreisliga A durchgereicht wurde. Im Unterschied zu vielen anderen Vereinen, die dieses Schicksal ereilte, steht der Verein aber wirtschaftlich auf einer soliden Basis. Die Abstiege hinterließen keinen Schuldenberg und auch die Mannschaft blieb, bis auf die normale Fluktuation, zusammen. So zahlt sich aus, dass man auf waghalsige finanzielle Aktionen (wie zum Beispiel teure Spieler) völlig verzichtete. Im Gegenteil: in den sportlich erfolgreichen Jahren konnte man die Anzahl der Sponsoren (Bande, FC-Info, …) deutlich aufstocken. Und diese Sponsoren wollten nicht den sportlichen Erfolg um jeden Preis und springen nun ab, sondern honorieren die kontinuierliche Vereinsarbeit.
Das Jahr 2000 brachte für den Verein eine weitere wichtige Veränderung mit sich: um einige Probleme aus der Welt zu schaffen (z.B. musste ein Jugendspieler den Verein wechseln, um in einer aktiven Mannschaft des FC eingesetzt werden zu können), beschloß man, den Fußball nun endgültig auf eigene Füße zu stellen. Seit dem 1.7.2000 ist nun der FC ein völlig selbstständiger Verein. Der SV Ludwigshafen (in dem nur Fußball betrieben wurde), hat sich aufgelöst und ging komplett in den FC über, während der TSV Bodman seine Fußballabteilung aufgelöst hat. So ist der FC 10 Jahre nach seiner Gründung mittlerweile ein eigenständiger Verein, der sich zum Beispiel auch selbst um die Jugendarbeit kümmern muss, die das Kapital eines Vereines ist, der große Gelder weder zahlen kann noch will.
Nach 5 Jahren in der Kreisliga A mit dem Tiefpunkt 2004/2005, als man lange um den Klassenerhalt zittern mußte, gelang 2006/2007 mit einer sehr jungen Mannschaft wieder der Aufstieg in die Bezirksliga. Besonders erfreulich, daß der Großteil der Spieler, die dies geschafft haben, aus der eigenen Jugend des FC stammt. Ergänzt mit Akteuren aus der nähreren Umgebung, die sich nicht nur als sportliche Verstärkungen erwiesen, sondern auch charakterlich zu Verein und Team passen. Nach sechs Jahren Bezirksligazugehörigkeit musste 2011/2012 leider wieder der schmerzhafte Weg in die Kreisliga A angetreten werden. Nach einem 4. und 3. Tabellenplatz gelang in der Saison 2014/2015 der erneute Aufstieg in die Bezirksliga Bodensee, die man aber nach nur einem Jahr wieder verlassen musste. Zur Winterpause der Saison 2016/2017 rangiert man nun auf dem 2. Tabellenplatz und man wird im Juni 2017 sehen, ob sich der erneute Traum vom Aufstieg hat verwirklichen lassen.